Endometrioma cerrahisi, endometriozis hastalarında medikal tedaviye dirençli ağrı, malignansi şüphesi ve zor oosit pick-up (OPU) durumlarında tercih edilen bir tedavi yöntemidir. Bu cerrahi işlem sırasında, kistin hilusa yaklaşıldıkça, follikül içeriğinin fazla olması ve klivajın daha az belirgin olması nedeniyle kistin çıkarılması ve kalan kısmın ablatif yöntemlerle tedavi edilmesi, over rezervini korumak açısından faydalıdır. Kombine teknik kullanılarak yapılan cerrahi girişimlerin over rezervi üzerinde daha az olumsuz etkisi vardır. Endometriomaların cerrahi olarak çıkarılması, infertil hastalarda spontan gebelik oranlarını artırabilir, ancak IVF sonuçlarını değiştirmez. Bu nedenle, infertil hastalarda cerrahi komplikasyonları önlemek, over rezervini azaltmamak ve daha hızlı sonuç almak için IVF, cerrahi denemeden önceki ilk seçenek olabilir. Endometrioma cerrahisi sonrası over rezervinin olumsuz etkilenmesi, cerrahi sonrası bir sorun olarak ortaya çıkmaktadır. Ayrıca, endometriomanın kendisi de over rezervini olumsuz etkileyebilir. Endometrioma, oksidatif stresi artırarak, dolaşımı bozarak ve kist etrafında fibrozis yaparak over rezervini olumsuz etkileyebilir. Endometrioma, diğer benign kistlere kıyasla çevredeki over korteksinde foliküler yoğunluğun daha düşük olduğu gösterilmiştir. Bu da, endometriomanın over rezervini azaltmada mekanik basıdan çok başka faktörlerin de rol oynadığını göstermektedir. Endometrioma, çevredeki kortekste daha fazla fibrotik reaksiyona neden olur ve bu da stroma ve kortekste bulunan foliküler aktivitenin azalmasına yol açar.(AI)