Sindirim sistemi boyunca endometriotik odakların en sık görüldüğü yer olan rektum ve distal sigmoid kolon derin infiltratif endometriozisi yönetiminde; hastaların semptomlarının şiddetine göre medikal tedavi ile tedavi edilebilecek hasta popülasyonu dışında, bu anatomik lokalizasyonda endometriotik odaklar histolojik olarak over ve peritondaki endometriotik odaklardan farklı olarak ağırlıklı olarak fibröz konnektif doku ve düz kas lifleri içerdiğinden primer tedavide hormonal medikal tedavilere yanıtsız olabilir ve yoğun semptomatik olabilir. Bu durumda cerrahi yönetilmesi gerekir. Literatürde tanımlanan derin infiltratif endometriozisin cerrahi yönetimi hastalıktan etkilenen rektal segmentin çıkarılmasını içeren kolorektal rezeksiyon ve rektum açılmadan endometriotik nodülün çıkarılması ( shaving) ya da rektum açılarak nodülü çevreleyen rektal duvarla birlikte çıkarılmasıdır (tam kalınlık veya disk eksizyonu). Kolorektal rezeksiyon ciddi obstrüksiyon olan veya rezeksiyonunun mümkün olmadığı endometriotik odakların rezeksiyonu için küçük bir gruba uygulanması gerekirken ; nodül eksizyonu semptomatik rektal derin infiltratif endometriozisi olan daha geniş bir hasta grubunda daha az morbid olduğu için tercih edilmekte ve uygulanmaktadır. Cerrahi sonrası hastalarda ağrı yönetimi ve nüks riskini azaltmak adına uygun olan tüm hastalarda medikal tedavi kombine edilmelidir. Hastaya uygulanacak cerrahi tedavi yöntemlerinin riskleri avantaj ve dezavantajları hakkında bilgi verilmeli ve hastaya uygulanacak tedavi hakkında seçme hakkı tanınmalıdır.