İmmün sistem farklı enfeksiyon etkenlerine karşı en uygun yanıtı vermek için ayrı ve özel yollar kullanır. Hücre dışı bakterilere karşı savunmada kullanılan doğal immün yanıtın esas mekanizmaları, fagositoz ve kompleman aktivasyonu iken, edinsel immün yanıt mekanizması olarak humoral immün yanıt ön plandadır. Hücre içi bakterilere karşı doğal immün yanıtta fagosit ve NK hücreleri ile yanıt verilirken, edinsel immün yanıt T hücreleri aracılığı ile olmaktadır. Funguslara karşı doğal immün yanıtta fagosit ve kompleman sistemi önemli iken, edinsel immün sistem açısından incelendiğinde hücre dışı fungal etkenlere karşı Th17, hücre içi fungal etkenlere karşı Th1 aracılı yanıtın koruyucu olduğu görülmektedir. Virüslere karşı doğal immün yanıtta Tip I interferonlar, edinsel immün yanıtta antikor ve STL’ler esas mekanizmadır. Parazitlere karşı doğal immün yanıtta, protozoonlara karşı fagositlerin, helmintlere karşı eozinofillerin önemli rolü olduğu bilinmektedir. Edinsel immün yanıt ise parazitin hücre içi veya hücre dışı yerleşim göstermesine göre farklılık gösterir. Makrofajlar içinde bulunan protozoonlara karşı Th1 aracılı makrofaj aktivasyonu önemli iken, konak hücreleri içinde bulunarak lizisine sebep olan protozoonlara karşı antikor ve STL yanıtları koruyucudur. Helmintik parazitlere karşı IgE üretimi ve eozinofil etkinleşmesi ön plandadır. Enfeksiyon etkenlerine karşı gelişen immün yanıtların konakta doku hasarına sebep olabileceği unutulmamalıdır. Mikroorganizmalar immün yanıtlardan kaçmak için çeşitli mekanizmalar geliştirmişlerdir.