Popülasyon Genomiği: Temel Kavramlar Ve Yöntemler
Anahtar Kelimeler
Bu
bölüm, popülasyon genomisinin temel kavramlarını, veri türlerini ve analiz
yöntemlerini kapsamlı ancak uygulamaya dönük bir yaklaşımla tanıtmaktadır.
Öncelikle SNP, STR, CNV, indel, yapısal varyant ve haplotip gibi genomik veri
türleri ile PLINK ve VCF başta olmak üzere yaygın veri formatları
açıklanmaktadır. Güvenilir analiz sonuçları elde etmek amacıyla kalite
kontrolü, filtreleme, eksik genotiplerin tamamlanması ve format dönüşümü
süreçleri ele alınmaktadır. Bölümde ayrıca Temel Bileşenler Analizi, ortak soy
ve karışma analizi, genetik çeşitlilik ölçütleri, FST, AMOVA, genetik uzaklık,
akrabalık ve genomik ilişki matrisleri açıklanmaktadır. Doğal ve yapay
seçilimin genomda bıraktığı izlerin belirlenmesine yönelik Tajima’s D, Fay-Wu’s
H, EHH, iHS ve XP-EHH gibi yöntemlere de yer verilmektedir. Son olarak PLINK,
GATK, bcftools, ADMIXTURE, STRUCTURE ve çeşitli R paketleri kullanılarak
genomik analizlerin biyoenformatik iş akışı sunulmaktadır. Bölüm; tarım, hayvan
ve bitki ıslahı, tıp, biyoçeşitliliğin korunması ve adaptasyon araştırmaları
için temel bir başvuru niteliğindedir.
Kitap Adı:
Genetik
Atıf Sayısı :
